十二指肠病变常见于第二段，表现为难以愈合的溃疡，不易控制的上腹痛，尚有急性或慢性消化道出血、穿孔引起腹膜炎或向胰腺区穿透，进行性肠腔狭窄可能引起幽门或十二指肠梗阻。
小肠病变多见于末端回肠，以恶心、厌食、腹泻为主，肠梗阻多见于中段或远端回肠，由狭窄或粘连肠袢固定僵硬引起。小肠病变可引起脂肪、糖、蛋白质吸收不良性腹泻而导致营养不良。瘘管可见于小肠、结肠、膀胱、阴道、皮肤之间，穿孔后并发腹膜炎亦可见。
结肠病变以直肠和乙状结肠为常见，主要表现为腹痛、腹泻、里急后重和鲜红色血便。以粘膜溃疡常见，常为多发性、分散分布的小溃疡，偶见大的、单发的溃疡。溃疡可能引起穿孔。结肠梗阻较小肠梗阻少见，但瘘管形成常见。大便变细和进行性便秘提示肠道狭窄存在。
