在治疗肛周脓肿的时候，一般认为要注意以下几点。
①切口要准确，必要时可先行穿刺抽脓，选好切口部位再切开。
②浅部脓肿切口呈放射状，直达脓腔，并挤压脓腔周围使脓液尽可能排完。深部脓肿应做直切口，避免损伤括约肌，切开后以止血钳或蝶型探针做钝性分离，达脓腔，并使脓液排尽。
③引流要彻底，脓肿切开后应以手指探查脓腔，尤其是马蹄形脓肿，应分开脓腔中的纤维间隔，以利引流。对肛门周围皮下脓肿，引流物可选择凡士林纱条或橡胶片，而对深部脓肿的引流则必须使用橡皮管或卷烟引流条。
④抗炎的选择很大程度上影响着治疗的成败。对肛周脓肿的急性感染期和手术后初期，抗生素的使用要足量、全程，可使用广谱抗生素，或青霉素、甲硝唑、庆大霉素等联合使用。
⑤术中应以探针探取原发感染性内口，必要时可用亚甲蓝来显示内口的所在，切开原发性的肛窦内口，常常可预防肛瘘的形成，以达到的一期手术肛周脓肿治疗效果。
